Peña, yang menggantikan Marc-André ter Stegen yang cedera, melakukan penyelamatan sulit pada menit ke-86 untuk membantu Barcelona mempertahankan keunggulan.
Tim asuhan Xavi telah kebobolan 21 gol dalam 18 pertandingan, satu gol lebih banyak dari yang diperbolehkan setelah 38 pertandingan musim lalu.
Barcelona bermain imbang 1-1 di Valencia dan kalah 4-2 dari Girona di kandang sendiri.
Mereka juga kalah 3-2 dari Antwerp untuk menutup kampanye penyisihan grup di Liga Champions, meskipun mereka melaju ke babak sistem gugur untuk pertama kalinya setelah dua kali tereliminasi awal berturut-turut.
BACA JUGA:Hasil Liga Spanyol: Barcelona vs Girona Skor 2-4, Blanquivermells Mantapkan Diri Pesaing Gelar Juara
Barcelona telah memenangkan seluruh delapan pertandingan kandangnya melawan Almeria di liga, namun kalah dalam pertandingan terakhirnya melawan klub Spanyol selatan itu pada bulan Februari.
Barcelona tidak terkalahkan dalam 13 pertandingan sebelumnya melawan Almeria.
Almeria bermain imbang dua kali dari tiga pertandingan liga terakhirnya yakni 0-0 melawan Real Betis dan 0-0 di Mallorca.
Mereka tetap di posisi terakhir dengan lima poin, memiliki sembilan poin dari posisi aman.