Diketahui, pada 2015, Denny Indrayana telah ditetapkan tersangka oleh Polri dalam kasus dugaan korupsi payment gateway. Kasus itu ditangani di era Kapolri Jenderal Badrodin Haiti.
Denny dianggap berperan menginstruksikan rujukan dua vendor proyek payment gateway.
Denny juga diduga memfasilitasi kedua vendor itu untuk mengoperasikan sistem tersebut. Dua vendor yang dimaksud yakni PT Nusa Inti Artha (Doku) dan PT Finnet Indonesia.