Sembari menyebarluaskan ajaran agama Islam, Anwar juga aktif di berbagai organisasi keislaman.
Memang, sejak duduk di bangku kuliah, Anwar sudah aktif di Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII).
Ia pernah menjadi Ketua PMII di Universitas Tribakti Kediri, juga pimpinan pusat PMII saat berkuliah di IAIN Syarif Hidayatullah.
Beberapa jabatan di organisasi Islam lainnya yang pernah diikuti Anwar, misalnya, Ketua Gerakan Pemuda Ansor cabang Kediri, Ketua Rais Syuriyah NU Kediri, hingga Wakil Ketua Rais Syuriyah NU Jawa Timur.
Tahun 1998, Anwar dipilih sebagai Ketua Dewan Syuro Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) wilayah Jawa Timur.