Peralihan kariernya menuju lembaga independen terjadi ketika Qodari mendirikan Indo Barometer pada November 2006 sampai kini menjadi Direktur Eksekutif lembaga tersebut.
Nama M. Qodari juga mencuat di dunia politik saat dirinya bergabung dengan relawan Jokowi-Prabowo dan menjadi salah satu pendukung pemerintahan Jokowi.
Di Posisinya tersebut, ia sempat menyampaikan gagasan kontroversial yang mendorong perpanjangan jabatan presiden.
BACA JUGA:AM Putranto Serahkan Jabatan Kepala Staf Kepresidenan ke Muhammad Qodari dengan Penuh Haru
Pandangannya itu pun menimbulkan pro-kontra, namun juga membuat sosoknya makin diperhitungkan di dunia politik nasional.
Usai Prabowo dilantik menjadi Presiden, namanya turut menjadi bagian dari Kabinet Merah Putih sebagai Wakil Kepala Staf Kepresidenan mendampingi AM Putranto pada 21 Oktober 2024.
Selang setahun, Muhammad Qodari kembali dilantik oleh Presiden sebagai Kepala Staf Presiden yang baru menggantikan AM Putranto pada 17 September 2025.
Kini, dirinya mengisi jabatan sebagai Kepala Badan Komunikasi Republik Indonesia menggantikan Angga Raka Prabowo.