Diketahui insiden kecelakaan bermula ketika rangkaian kereta rel listrik (KRL) relasi Cikarang-Jakarta tertemper mobil di perlintasan sebidang JPL 85.
Akibat kejadian tersebut, rangkaian KRL harus dievakuasi dan ditetapkan sebagai Perjalanan Luar Biasa (PLB) dengan kode 5181 karena berhenti berdinas dan berjalan di luar jadwal reguler.
Sebagai dampaknya, petugas memberhentikan satu rangkaian KRL lainnya dengan kode PLB 5568 yang mengarah ke Cikarang di peron Stasiun Bekasi Timur.
Namun, KA Argo Bromo Anggrek (KA 4) relasi Jakarta–Surabaya tidak sempat berhenti sepenuhnya sehingga terlibat insiden dengan KA PLB 5568 yang sedang berhenti.