Dia menjelaskan, menurut Data Statistik Pendidikan Islam Kementerian Agama pada tahun 2019/2020 terdapat 82.418 lembaga pendidikan dari tingkatan RA, MI, MTS dan MA.
Dari jumlah tersebut menurut dia, sebanyak 95,1 persen adalah swasta dan negeri hanya 4,9 persen, sedangkan jumlah siswa pada semester genap 2019/2020 ada 9.450.198 Siswa,
"Seharusnya Pemerintah harus berterima kasih dan bersyukur dengan adanya lembaga pendidikan seperti madrasah, karena sudah membantu mencerdaskan anak bangsa dengan amanat pasal 31 UUD 1945," katanya.
Baidowi mengingatkan pemerintah untuk mematangkan konsep RUU Sisdiknas dan memastikan agar frasa madrasah jangan dihilangkan. Hal itu menurut dia karena info didapatkannya, dalam draf revisi UU Sisdiknas tidak memuat frasa madrasah.
"Menghilangkan madrasah dalam RUU Sisdiknas adalah bentuk diskriminasi dalam dunia pendidikan. Selama ini fakta menunjukkan bahwa sangat besar peran madrasah dalam pendidikan di Indonesia," ujarnya.
Baidowi menilai melalui peran madrasah yang sudah terbukti nyata terhadap pembentukan generasi bangsa, maka seharusnya madrasah harus lebih diperhatikan, diperkuat dan dicantumkan dalam Undang-Undang bukan malah dihapus.
Selama ini menurut dia, sistem pendidikan madrasah sudah diakui dan berjalan sebagaimana mestinya sesuai dengan amanat UU No 20 tahun 2003.
"Jika madrasah tidak masuk dalam sistem pendidikan nasional, para siswa akan kemana, apakah akan ditampung atau dialihkan ke sekolah-sekolah di luar madrasah. Sekolah yang ada saja tidak bisa menampung seluruh calon siswa yang ada saat ini," katanya.