Pendeta itu juga mengatakan bahwa pondok pesantren (ponpes) merupakan lembaga pendidikan untuk mencetak terorisme dan paham radikalisme.
Penyidik Direktorat Tindak Pidana Siber Bareskrim Polri kemudian melakukan penyelidikan dan penyidikan hingga menetapkan Saifuddin sebagai tersangka kasus penistaan agama dan ujaran kebencian.
Saifuddin dijerat Pasal 45 ayat 1 Jo pasal 24 ayat 1 Undang-Undang Nomor 19 tahun 2016 tentang perubahan atas Undang-Undang Nomor 11 tahun 2008 tentang Informasi dan Transaksi Elektronik (ITE) dengan ancaman hukuman pidana penjara paling lama 6 tahun dan denda Rp1 miliar.