Sebagai akibatnya, PT Pertamina Patra Niaga mengeluarkan biaya tambahan sebesar 13 persen hingga 15 persen yang melawan hukum, dan fee tersebut diberikan kepada MKAR selaku beneficial owner PT Navigator Khatulistiwa, serta DW sebagai komisaris perusahaan yang sama.
Perbuatan para tersangka ini, yang melibatkan sejumlah pihak lainnya seperti RS, SDS, JF, AP, MKAR, DW, dan GRJ, menyebabkan kerugian negara sebesar Rp193,7 triliun. Kerugian tersebut berasal dari berbagai komponen
Para tersangka kini disangkakan melanggar Pasal 2 ayat (1) atau Pasal 3 jo. Pasal 18 Undang-Undang RI Nomor 31 Tahun 1999 yang telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 tentang Perubahan Atas Undang-Undang RI Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi, serta Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.