Dalam perjalanannya Masjid Quba pernah direnovasi pada masa Khalifah Utsman bin Affan dan Umar bin Khattab. Pada masa khalifah Umar, Masjid Quba mendapat menara.
Setelah itu pada masa Saudi modern, Masjid Quba secara teratur direvitalisasi. Pada 1968, sisi utaranya diperluas.
Kemudian pada 1985, Raja Fahd memerintahkan beberapa perluasan namun tetap mempertahankan arsitektur asli bangunan.