Akibat pengungkapan itu, Muchdi Purwopranjono, Komandan Jenderal (Danjen) Kopassus, menjadi tidak senang dengan Munir. Akibatnya, Muchdi harus diberhentikan dari jabatan barunya selama 52 hari.
BACA JUGA:Demi Selamatkan Bumi, Pesawat Ruang Angkasa NASA 'Sengaja' Tabrak Asteroid
Muchdi diangkat menjadi Kepala Deputi V BIN pada 27 Maret 2003. "Posisi yang membuka banyak peluang untuk menghentikan aktivitas korban mendiang Munir yang merugikan terdakwa,"
Muchdi memanfaatkan jaringan nonorganik BIN, Pollycarpus Budihari Priyanto, pilot PT Garuda Indonesia Airways, untuk membunuh jiwa Munir. Karena saat itu diketahui Munir akan terbang ke Belanda menggunakan Garuda Indonesia.
Pollycarpus kemudian diangkat menjadi petugas keamanan penerbangan agar bisa naik pesawat PT Garuda Indonesia Airways manapun, termasuk pesawat yang nantinya akan ditumpangi Munir.
Lebih lanjut dijelaskan bagaimana Pollycarpus membuat surat rekomendasi kepada PT Garuda Indonesia Airways untuk ditempatkan di corporate security. Draf surat itu diketik Pollycarpus menggunakan komputer di ruang staf Deputi V BIN. Setelah selesai, surat itu kemudian dikoreksi oleh saksi Budi Santoso yang sempat bertanya, "Ini untuk apa?"
Polly menjawab, "Pak, saya mau ikut corporate security karena banyak masalah di Garuda." Budi Santoso juga bersedia mengoreksi surat tersebut karena mengetahui Polly adalah jaringan nonorganik Muchdi.
Polly kemudian membawa surat itu ke kamar Muchdi. Selang beberapa hari, Polly memberi tahu Budi Santoso, "Pak, saya mendapat tugas dari Pak Muchdi Purwopranjono untuk membunuh Munir."
BACA JUGA:Fix! Ini Jadwal Pemakaman Ratu Elizabeth II
Surat tersebut kemudian ditandatangani dan dimasukkan ke dalam amplop BIN bernomor R-451/VII/2004, yang kemudian diserahkan langsung oleh Polly kepada Indra Setiawan, Direktur Utama PT Garuda Indonesia Airways. Polly akhirnya ditugaskan sebagai staf keamanan perusahaan seperti yang diminta.
Selanjutnya Polly menelepon ponsel Munir yang diterima Suciwati untuk menanyakan kapan Munir akan berangkat. Suci menjawab bahwa suaminya akan berangkat Senin, 6 September 2004, dengan pesawat Garuda Boeing 747-400 nomor penerbangan GA-974.
Polly juga mengatur agar bisa ikut penerbangan sebagai extra crew. Polly seharusnya menjadi pilot utama untuk penerbangan ke Peking, Cina, dari 5 September hingga 9 September 2004.
Maka pada Senin malam, Polly berhasil menerbangkan pesawat bersama Munir yang berangkat dari Bandara Soekarno-Hatta. Pukul 23.32 WIB, setelah terbang sekitar 120 menit, pesawat mendarat di Bandara Changi Singapura.
Polly yang sudah lebih dulu bertemu dengan Munir membawa korban ke Coffee Bean melalui Gerbang 42. Munir menunggu Polly yang memesan dua minuman yang salah satunya sudah diberikan racun arsenik kepada korban. Munir menghabiskan minuman yang diberikan Polly.
Selanjutnya, Munir kembali ke pesawat untuk melanjutkan penerbangan. Sementara itu, Polly kembali ke Jakarta. Selasa sekitar pukul 10.47, Polly menghubungi Budi Santoso dan mengatakan: "Menemukan ikan besar di Singapura."
Sementara itu, Munir meninggal dua jam sebelum pesawat mendarat di atas langit Rumania di Bandara Schipol Amsterdam, Belanda. Berdasarkan hasil otopsi pihak berwenang Belanda, tubuh Munir mengandung 3,1 miligram racun arsenik. Ada proses pengadilan dalam kasus ini. Namun, tabir misteri tidak pernah terungkap dengan jelas.