Syarifah Fadlun meninggal dunia dikarenakan sakit dan dimakamkan di Megamendung, Bogor.
Dari pernikahan dengan Syarifah Fadlun, Habib Rizieq dikaruniai tujuh orang anak di mana enam di antaranya adalah perempuan.
Nama anak-anak Habib Rizieq ialah Najwa Shihab, Fairuz Shihab, Rufaidah Shihab, Mumtaz Shihab, Zulfa Shihab, Zahra Shihab, dan Humaira Shihab.