Kisah dalam film kedua dimulai saat Jay harus bekerja sendiri di MIB usai rekannya, Kay memutuskan untuk pensiun dari MIB setelah menjebloskan banyak alien ke penjara.
Berkat keberhasilan menjebloskannya ke penjara, hal itu membuat Kay dan Jay menjadi incaran balas dendam para alien.
Agen Kay yang sengaja menghapus ingatannya karena tidak berminat lagi dengan pekerjaan itu terpaksa harus kembali.
Suatu hari, ada alien yang tiba-tiba mendarat di Bumi dan menyamar sebagai model Victoria Secret bernama Serleena.
Kedatangannya bertujuan untuk mencari benda misterius yang disebut "Light of Zartha".
BACA JUGA:Nonton Drama Korea A Virtuous Business, Kisah Sekelompok Wanita Jual Produk Dewasa
Namun, masalahnya adalah alien ini tidak segan menggunakan kekuatannya untuk menemukan benda tersebut.
Susana menjadi tegang saat alien itu mulai berbuat kekacauan. Agen Jay yang kewalahan menyadari bahwa membutuhkan bantuan rekannya.
Agen Jay kemudian menjemput Agen Kay dan mengembalikan ingatan rekannya itu.
Di sisi lain, Serleena ternyata telah berhasil mengambil alih markas MIB. Konflik pun semakin memanas yang membuat para agen harus menghentikan aksi alien untuk mencari "Light of Zartha" yang ternyata bisa menghancurkan alam semesta.