BACA JUGA:Kejagung Tunggu Aduan dari Masyarakat Atas Dugaan Pelanggaran Etik Hakim yang Memvonis Harvey Moeis
Setelah empat tahun, Nugroho beralih tugas di lingkungan Menteri Pertahanan RI. Selama masa jabatan Menteri Pertahanan 2020-2024, Presiden Prabowo, ia dipercaya untuk menduduki posisi sebagai Staf Ahli Menhan Bidang Politik.
Pada 18 Oktober 2024, Panglima TNI Jenderal TNI Agus Subiyanto mengeluarkan keputusan promosi dan mutasi terhadap perwira tinggi untuk bertugas di lingkungan kepresidenan. Salah satunya, Nugroho juga terpilih menjadi Inspektur Utama Badan Intelijen Negara (BIN).
Namun, tak berselang lama, di akhir tahun 2024, Nugroho ditunjuk sebagai Kepala Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN).
Jabatannya sebagai Inspektur Utama Badan Intelijen Negara (BIN) diemban oleh Mayjen TNI R. Sidharta Wishu Graha.