Sebagai seorang pemuda, ia belajar teologi di seminari Qom dan dilaporkan ikut serta dalam tahap akhir perang Iran-Irak.
Tidak seperti banyak tokoh dalam kepemimpinan Iran, Khamenei tidak pernah mengejar jabatan terpilih atau peran penting dalam pemerintahan.
Sebaliknya, ia secara bertahap menjadi sosok berpengaruh di dalam kantor ayahnya, di mana ia secara luas dipandang sebagai bagian dari lingkaran kecil yang mengelola akses politik ke pemimpin tertinggi.
BACA JUGA:Skema Cicilan Terbaru KUR BNI 2026 Rp500 Juta 5 Tahun, Angsuran dan Bunga Ringan
Selama bertahun-tahun ia membina hubungan dekat dengan ulama konservatif dan elemen-elemen Korps Garda Revolusi Islam (IRGC), sebuah koneksi yang menurut para analis memperkuat kedudukannya dalam sistem tersebut.
Namanya muncul di depan umum selama pemilihan presiden 2009 yang dipersengketakan, ketika tokoh-tokoh reformis menuduhnya berperan dalam mendukung penindakan keamanan yang terjadi setelah protes massal. Namun ia tidak pernah membahas masalah suksesi secara terbuka.
Bagi para pendukungnya, Mojtaba Khamenei mewakili kesinambungan dengan garis ideologis yang ditetapkan oleh Ayatollah Ruhollah Khomeini dan dipertahankan oleh ayahnya.