Ikan Napoleon merupakan jenis ikan yang dilindungi terbatas sesuai dengan daftar pada Appendix II CITES. Pemanfaatannya diatur melalui Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 61/PERMEN-KP/2018 tentang Pemanfaatan Jenis Ikan yang Dilindungi dan/atau Jenis Ikan yang Tercantum Dalam Appendiks Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora.
Sesuai ketentuan ini, setiap pelaku usaha yang memanfaatkan ikan Napoleon wajib memiliki Surat Izin Pemanfaatan Jenis Ikan (SIPJI) Perdagangan Luar Negeri dan Surat Angkut Jenis Ikan Luar Negeri (SAJI-LN).
Sebelumnya Menteri Kelautan dan Perikanan, Sakti Wahyu Trenggono, menegaskan bahwa KKP berkomitmen menerapkan pengaturan larangan penuh maupun terbatas terhadap spesies ikan tertentu.
Langkah tegas ini diambil untuk melindungi sumber daya ikan agar tidak punah, terutama ikan asli Indonesia (indigenous species), sekaligus menjaga keberlanjutan ekosistem asli alam Indonesia.