Keduanya dituding sebagai dalang G30S PKI dan ikut merancang penculikan sejumlah perwira tinggi Angkatan Darat.
Tercatat sejak Oktober 1965, Soepardjo telah masuk daftar buruan Kodim 0501/Jakarta Pusat.
Panglima Kodam V/Jaya Amirmachmud menggelar operasi intelijen dengan membentuk tim khusus dengan sandi "Kalong".
Nama Operasi Kalong diambil karena dilakukan pada malam hari.
Operasi Kalong dipimpin oleh Kapten Cpm Suroso dengan pasukan berasal dari Kompi Raiders Kodam V Jaya yang dipersiapkan sebagai pasukan tempur.
Ada pula kelompok pengintai di bawah pimpinan Pembantu Letnan M Afandi bertugas mencari informasi persembunyian Brigjen Soepardjo.
Pada 10 Januari 1967, lokasi persembunyian Soepardjo diketahui berada di Komplek KKO Cilincing, Jakarta Utara.
Salah seorang anggota KKO AL, Mayor KKO Adnan Suwardi menampung Soepardjo di kediamannya.
Tim Operasi Kalong menyerbu ke Cilincing, namun Brigjen Soepardjo melarikan diri menuju Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma.
Pagi hari menjelang subuh 12 Januari 1967, Tim Operasi Kalong bergerak ke arah Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma.
Pasukan memasuki komplek perumahan AURI pukul 05.30. Dalam penggeledahan, Soepardjo berhasil ditangkap di loteng rumah Kopral Udara Sutardjo.
Soepardjo terpaksa turun dari loteng setelah seorang pasukan penangkap mengancam akan menembaknya.
Selain Soepardjo turut terciduk Anwar Sanusi, seorang penulis buku pelajaran sejarah dan anggota PKI.
Kabar penangkapan Brigjen Soepardjo sampai kepada Panglima Kodam V/Jaya Brigjen Amir Machmud pada siang hari.
Berita itu dilaporkan Letnan Kolonel Soedjiman ketika Brigjen Amirmachmud selesai sholat Ied di lapangan Banteng.
Soepardjo dibekuk oleh pasukan yang berada di bawah pimpinan komando Panglima Kodam v Jaya Brigjen Amirmachmud pada 12 Januari 1967, bertepatan Hari Raya Idul Fitri atau Lebaran.