Mengutip dari website resminya, Ponpes Al-Zaytun ditulis : didirikan oleh bangsa Indonesia yang bergabung dalam sebuah yayasan pada tanggal 01 Juni 1993 bertepatan dengan 10 Dzu al-Hijjah 1413 H yaitu Yayasan Pesantren Indonesia (YPI).
Struktur organisasi YPI itu sendiri diketahui tidak jelas. Dalam pengecekan Kemenkumham Yayasan, YPI atau Yayasan Pesantren Indonesia tertulis dengan keterangan : Untuk Sementara Data Yayasan Ini Tidak Dapat Ditampilkan (dengan huruf kapital berwarna merah)
Selanjutnya tentang Ponpes Al-Zaytun , tertulis dalam website : Al‐Zaytun adalah milik umat islam bangsa Indonesia dan umat bangsa lain di dunia, timbul dari umat, oleh umat, dan diperuntukkan bagi umat.
Pembangunan Al-Zaytun dimulakan pada 13 Agustus 1996. Pembukaan awal pembelajaran dilaksanakan pada tanggal 1 Juli 1999, dan peresmian secara umum dilakukan pada 27 Agustus oleh Presidan RI ketiga, Prof.Dr.Ing. B.J. Habibie.
Ponpes Al -Zaytun menyediakan sarana pendidikan mulai dari (MI )Madrasah Ibtidaiyah (setara SD), (MTs) Madrasah Tsanawiyah (SMP), (MA)Madrasah Aliah (setara SMA), PKBM, Perguruan tinggi dan asrama. Dengan program pendidikan yang mengacu pada standar kualifikasi internasional yang bermakna rahmatan lil alamin.
Masih mengutip website resminya, Ponpes Al-Zaytun mengklaim memiliki sejumlah murid dari luar negeri.
Visi misi yang tertulis adalah ;Perbaikan kualitas pendidikan ummat tersimpul di dalam motto: Al-Zaytun Pusat Pendidikan Pengembangan Budaya Toleransi dan Perdamaian Menuju Masyarakat Sehat, Cerdas, dan Manusiawi.
Menurut sumber lainnya, Ponpes Al-Zaytun didirikan oleh Panji Gumilang atau Abdussalam Rasyidi Panji Gumilang, atau biasa disapa Syekh Panji. Lahir di Gresik 30 Juli 1946.
Dia tercatat sebagai pendiri dan pemimpin Ponpes Al-Zaytun.
Dalam Ponpes Al-Zaytun, Panji Gumilang menuliskan arah dan tujuan ponpes tersebut yakni; Mempersiapkan peserta didik untuk beraqidah yang kokoh kuat terhadap Allah dan Syari'at-Nya, menyatu di dalam tauhid, berakhlaq al-karimah, berilmu pengetahuan luas, berketrampilan tinggi yang tersimpul dalam basthotan fi al-'ilmi wa al-jismi. Sehingga sanggup siap dan mampu untuk hidup secara dinamis di lingkungan negara bangsanya dan masyarakat antarbangsa dengan penuh kesejahteraan serta kebahagiaan duniawi mahupun ukhrowi.
Sementara, terlihat salah satu lembaga pendidikan Al-Zaytun, di situs Madrasah Tsanawiyah (MTs) Al-Zaytun cukup aktif mengabarkan kegiatan ponpes.
Kegiatan yang belum lama ini dikabarkan yakni, guru dan murid wajib menyanyikan lagu Indonesia Raya 3 Stanza versi Panji Gumilang sebelum memulai aktifitas belajar mengajar. Berita ini disertakan foto-foto siswa dan guru sedang bernyanti dipimpin seorang dirigen.
Lagu tersebut diketahui diciptkan Panji Gumilang sejak 2017 lalu. Tampaknya, ciptaan Panji Gumilang itu terdiri dari 3 versi, Indonesia Raya, Indonesia Raya Stanza 2 dan Indonesia Raya Stanza 3.
Berikut adalah penjelasan Panji Gumilang kepada warga Ponpes Al-Zaytun tentang lagu Indonesia Raya stanza 2 dan 3.
"Selama ini lagu Indonesia Raya dinyanyikan dengan irama musik saja tidak dilantunkan dengan kata-kata yang diresapi oleh nuraninya, oleh akal pikirnya, oleh hatinya, oleh mulutnya, itu yang dilakukan hari ini kebanyakan seperti itu. Bagi bangsa Indonesia, lagu Indonesia Raya ini segala-galanya.