Gus Ipul menjabat saat era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) pada tahun 2004-2007.
Saat yang bersamaan, dia juga menjabat sebagai Ketua Umum GP Ansor dua periode berturut-turut pada 2000-2005 dan 2005-2010.
Saat ini, Saifullah Yusuf merupakan Wali Kota Pasuruan dan pernah masuk jajaran pengurus inti PBNU di Bawah Said Aqil Siraj.
Pada periode kepengurusan PBNU saat ini, Gus Ipul menjabat sebagai Sekjen PBNU.