Sebagai imbalan, Belanda menawarkan kehidupan seluruh anggota kesultanan. Namun, Zainal dengan tegas menolak tawaran tersebut.
Pada tahun 1961, Zainal Abidin Syah dibantu Kementerian Dalam Negeri dan Operasi Mandala di Makassar (Trikora) Perjuangan Pembebasan Irian Barat tahun 1962.