Pada pukul 16.00 WIT Kapal KMP Cahaya Arafat tiba di Desa Samo, kemudian pukul 17.00 WIT KMP Cahaya Arafat keluar dari Desa Samo menuju ke Gene Barat.
Namun dalam perjalanan kapal dihantam gelombang tinggi yang disertai angin kencang yang mengakibatkan air masuk melalui lambung kapal bagian depan.
Pompa air yang ada di kapal tidak mampu untuk mengeluarkan air yang masuk sehingga mengakibatkan kapal perlahan-lahan tenggelam di Perairan sekitar Kabupaten Halmahera Selatan Maluku Utara.