Pada 2019 Fadjar Prasetyo bertugas untuk menjaga wilayah udara Indonesia bagian barat yang meliputi Sumatra, Kalimantan Barat, DKI Jakarta, Banten, Jawa Barat, Jawa Tengah dan Yogyakarta.
Selama menjadi panglima di Koopsau I, Fadjar berhasil membantu pemerintahan dalam kegiatan sosial kemanusiaan. Salah satunya andil dalam evakuasi korban unjuk rasa di Wamena.
Di tahun yang sama, Panglima TNI, Marsekal Hadi Tjahjanto mempercayai Fadjar untuk mengisis posisi Komando Gabungan Wilayah Pertahanan yang berperan mengintegrasikan bebagai pangkalan TNI dari tiga matra di seluruh Indonesia.
Fadjar Prasetyo bertanggung jawab atas wilayah darat, laut dan udara yang meliputi Kalimantan Selatan, Kalimantan Timur, Kalimantan Utara, Sulawesi, Bali, NTT, NTB, Jawa Tengah, DIY, dan Jawa Timur.
Melalui Keputusan Presiden Nomor 31 tahun 2020, dan Keputusan Presiden Nomor 35 tahun 2020, Fadjar Prasetyo dipercaya memimpin matra udara sebagai KASAU sekaligus mendapatkan gelar sebagai perwira tinggi Angkatan Udara dengan pangkat marsekal.