Namun, otonomi ini belum sepenuhnya diimplementasikan dan masih banyak persoalan yang belum terselesaikan.
Beberapa kelompok Papua masih menuntut hak untuk menentukan nasib sendiri melalui referendum yang adil dan demokratis.
Namun, Indonesia masih bersikeras menganggap bahwa Papua sebagai bagian tak terpisahkan dari negara kesatuan Republik Indonesia (NKRI).