Setelah kemerdekaan Indonesia, Lembaga Kebudayaan Indonesia yang mengelola menyerahkan museum tersebut kepada pemerintah Republik Indonesia, tepatnya pada tanggal 17 September 1962.
Museum Nasional juga dikenal sebagai Museum Gajah karena dihadiahkannya patung gajah berbahan perunggu oleh Raja Chulalongkorn dari Thailand pada tahun 1871 yang kemudian dipasang di halaman depan museum.
Meskipun demikian, sejak 28 Mei 1979, nama resmi lembaga ini adalah Museum Nasional Republik Indonesia.
Museum Gajah
Museum Gajah banyak mengoleksi benda-benda kuno dari seluruh Nusantara.
Antara lain yang termasuk koleksi adalah arca-arca kuno, prasasti, benda-benda kuno lainnya dan barang-barang kerajinan.
Koleksi-koleksi tersebut dikategorisasikan ke dalam etnografi, perunggu, prasejarah, keramik, tekstil, numismatik, relik sejarah, buku langka dan benda berharga.
Catatan di website Museum Nasional Republik Indonesia pada tahun 2001 menunjukkan bahwa koleksi telah mencapai 109.342 buah.
Jumlah koleksi itulah yang membuat museum ini dikenal sebagai yang terlengkap di Indonesia.
Pada tahun 2006 jumlah koleksi museum sudah melebihi 140.000 buah, meskipun hanya sepertiganya yang dapat diperlihatkan kepada khalayak.
Sebelum gedung Perpustakaan Nasional RI yang terletak di Jalan Salemba No. 27, Jakarta Pusat didirikan, koleksi Museum Gajah juga meliputi naskah-naskah manuskrip kuno.
Naskah-naskah tersebut dan koleksi perpustakaan Museum Gajah lainnya kini disimpan di Perpustakaan Nasional.
Sumber koleksi banyak berasal dari penggalian arkeologis, hibah kolektor sejak masa Hindia Belanda dan pembelian.
Koleksi keramik dan koleksi etnografi Indonesia di museum ini cukup lengkap.
Koleksi yang menarik adalah patung Bhairawa. Patung yang tertinggi di Museum Nasional ini (414 cm) merupakan manifestasi dari Dewa Lokeswara atau Awalokiteswara, yang merupakan perwujudan Boddhisatwa (pancaran Buddha) di Bumi.