Ia memutuskan bergabung dengan Partai Demokrat Provinsi Papua dan diangkat sebagai ketua DPD pada 2006.
Saat itu dia mecalonkan diri untuk sebagai Gubernur Papua, namun kalah perolehan suara dari Barnabas Suebu.
Kemudian ia berhasil menjadi Bupati Kabupaten Puncak Jaya untuk periode 2007 hingga 2012.
BACA JUGA:Perayaan Tahun Baru 2024 DKI Jakarta, 11 Panggung Hibur Warga di Festival Malam Muda-Mudi
BACA JUGA:Angkutan Nataru 2023/2024: Angka Kecelakaan Turun 39 Persen
Pada 2013 Lukas Enembe berhasil menjadi Gubernur Papua dengan wakil Klemen Tinal untuk periode 2013-2018.
Pada September 2017, Enembe dipanggil oleh Komisi Pemberantasan Korupsi sebagai tersangka dalam kasus korupsi.
Pendukung Enembe memprotes di Komisi Nasional Hak Asasi Manusia, mengklaim bahwa masalah ini dipolitisasi karena pemilihan umum gubernur 2018 di Papua.
Pada pemilihan Gubernur periode 2018-2023, Ia bersama Klemen menang dengan meraih 1.939.539 suara atau 67,54 persen suara.
Komisi kemudian menetapkan Enembe sebagai saksi dalam kasus korupsi yang melibatkan penyelewengan dana beasiswa di Papua, dan Enembe bertemu langsung dengan Komisi untuk mengklarifikasi laporan kekayaannya.
Pada 5 September 2022, Lukas Enembe ditetapkan menjadi tersangka kasus suap dan gratifikasi.
BACA JUGA:10.992 Calon Petugas Haji 2024 Lolos Verifikasi Berkas
BACA JUGA:Keliling Gereja, Kapolri Pastikan Ibadah Natal Aman dan Damai
Namun, baru pada 10 Januari 2023 KPK berhasil melakukan penangkapan dan pemeriksaan.
Pada tahun 2017, PPATK melayangkan laporan dugaan suap dan gratifikasi yang dilayangkan kepada Lukas terkait adanya pengelolaan uang tak wajar.
Setelah lima tahun berlalu, tepat pada 5 September 2022, KPK menetapkan Lukas Enembe sebagai tersangka kasus suap dan gratifikasi senilai Rp 1 miliar.