Pada Maret 2013, ia memperpanjang kontraknya hingga 2014.
Setelah awal yang buruk pada musim 2013–2014, Alex Pastoor diberhentikan pada 19 Agustus, dua hari setelah kekalahan 5–1 di kandang sendiri melawan PEC Zwolle.
Itu adalah pemecatan tercepat yang pernah ada dalam satu musim Eredivisie.
Alex Pastoor untuk sementara digantikan oleh Ron de Groot dan Wilfried Brookhuis , mantan asisten dan pelatih kiper.
BACA JUGA:Borneo FC Bongkar Skuad Usai Finish di Posisi 5, Fokus Bangun Tim Lebih Kompetitif
Pada akhir Agustus, Anton Janssen diangkat sebagai pengganti tetap Alex Pastoor.
Pada 3 Maret 2014 ia diangkat menjadi manajer di Slavia Praha , dan memutuskan untuk tidak memperpanjang kontraknya dan malah mengambil peran asisten pelatih di AZ Alkmaar, yang dilatih oleh Marco van Basten.
Pada 15 September 2014, Alex Pastoor ditugaskan sebagai caretaker setelah masalah kesehatan mengakibatkan Marco van Basten harus mengundurkan diri ke posisi asisten, dan dipecat oleh klub setelah menolak menandatangani kontrak hanya selama sembilan bulan.
Selama jeda musim dingin musim 2014–2015, ia diangkat sebagai pelatih kepala baru klub lapis kedua Eerste Divisie Sparta Rotterdam .
Di musim keduanya, ia memenangkan gelar Eerste Divisie dengan Sparta dan promosi ke Eredivisie.
BACA JUGA:Revolusi Persija Dimulai: Mauricio Souza Datang, Skuad Dibongkar, Target Juara!
BACA JUGA:Persija Diam-Diam Dekati 3 Pemain Eropa Berdarah Indonesia Jelang Liga 1 2025/2026, Thom Haye?
Musim 2016–1207 berakhir di tempat ke-15 di divisi teratas. Pada bulan Desember 2017, Sparta berpisah dengan Alex Pastoor.
Pada bulan Maret 2019, Alex Pastoor menjadi pelatih klub Bundesliga Austria SCR Altach, tempat ia pernah bermain sebagai pemain.
Kemudian diangkat menjadi manajer klub Eerste Divisie Almere City pada bulan Desember 2021.