Di Era Habibie, Ilham diminta kembali ke tanah air untuk mendukung program yang digagas oleh ayahnya.
BACA JUGA:KPK Dalami Peraturan Lelang dari Politikus PDIP Terkait Kasus Korupsi DJKA
BACA JUGA:PDIP Angkat Bicara Duet Pramono Anung - Rano Karno untuk Pilkada Jakarta
Kariernya di Indonesia dimulai sebagai Direktur Marketing PT Dirgantara Indonesia, perusahaan yang telah melahirkan pesawat dalam negeri pertama, N-250.
Pada tahun 2002, Ilham memutuskan untuk mengundurkan diri dari PT Dirgantara Indonesia dan melanjutkan kariernya di Grup Ilthabi Rekatama, perusahaan keluarga yang kemudian dipimpinnya.
Setelah keluar dari PT Dirgantara Indonesia, pada tahun 2002, Ilham beralih mengurus perusahaan keluarga, Grup Ilthabi Rekatama, karena adiknya, Thareq Kemal Habibie, ingin mencoba bisnis lain.
Ia juga pernah menjabat sebagai Presiden Direktur atau CEO di beberapa perusahaan, termasuk PT Global Group Asia dan PT Industri Mineral Indonesia, serta menjadi komisaris di sejumlah perusahaan besar lainnya seperti Bank Muamalat hingga perusahaan asuransi Malacca Trust Wuwungan Insurance.
BACA JUGA:Selain Ridwan Kamil - Suswono, Dedi Mulyadi dan Erwan Setiawan Juga Dapat Rekomendasi dari PAN
BACA JUGA:KAI Perpanjang Jam Operasional LRT Jabodebek, Cek Jadwal Barunya
Melalui PT Ilthabi Rekatama, ia menanamkan modal di PT Regio Aviasi Industri, perusahaan yang didirikannya bersama B. J. Habibie untuk mengembangkan pesawat penumpang bermesin turboprop R-80, penerus dari N-250.
Pesawat ini dirancang khusus untuk penerbangan di wilayah Indonesia dengan kapasitas 80 penumpang.
Ia juga pernah menjabat sebagai Ketua Presidium ICMI pada periode 2010-2015 dan saat ini menjabat sebagai Ketua Dewan Pakar ICMI untuk periode 2021-2026.