Tesisnya berfokus pada konflik Aceh dengan judul The Conflict in Aceh: Searching for A Peaceful Conflict Resolution Process.
Tak berhenti sampai di situ, tahun 2010 Raja kembali mengantongi beasiswa Australian Development Scholarship (ADS) untuk program doktoral di School of Political Science and International Studies, Universitas Queensland, Australia.
Disertasinya membahas peran agama dalam proses perdamaian di kawasan konflik, dengan studi kasus Mindanao (Filipina Selatan) dan Maluku (Indonesia).
Sebelum masuk ke kabinet, Raja dikenal sebagai aktivis dan akademisi.
Ia pernah menjabat Ketua Umum PP Ikatan Pelajar Muhammadiyah (2000–2002), serta Direktur Eksekutif Maarif Institute yang didirikan almarhum Ahmad Syafii Maarif.
Dalam perjalanan politik, ia sempat menjadi caleg PDIP pada Pemilu 2009, meski gagal melenggang ke Senayan.
Kemudian, ia ikut mendirikan Partai Solidaritas Indonesia (PSI) dan dipercaya menjadi Sekretaris Jenderal.
Karier birokrasi Raja semakin menanjak ketika Presiden Joko Widodo menunjuknya sebagai Wakil Menteri ATR/BPN (2022–2024).
Ia juga sempat menjabat Plt. Wakil Kepala Otorita Ibu Kota Nusantara (IKN). Pada reshuffle kabinet terbaru, Raja dipercaya mengemban amanah sebagai Menteri Kehutanan.