Pada tahun 1996, Prabowo diangkat sebagai sebagai Komanda Jenderal pada korps tersebut. Saat menjabat, ia memimpin operasi pembebasan sandera di Mapenduma.
Ketika jatuhnya Presiden Soeharto, ayah mertuanya, pada bulan Mei 1998, Prabowo sedang menjabat sebagai Panglima Komando Cadangan Strategis.
BACA JUGA:Kurang Puas Penanganan Polda Jatim, Keluarga Korban Kanjuruhan Lapor Bareskrim Polri
Setelah diberhentikan dari dinas militer, Prabowo menghabiskan waktu di Yordania dan di beberapa negara Eropa. Sekembalinya ke Indonesia, ia menekuni dunia bisnis, mengikuti jejak adiknya Hashim Djojohadikusumo yang merupakan seorang konglomerat.
Bisnis Prabowo meliputi sedikitnya 27 perusahaan yang bergerak pada sektor-sektor yang berbeda. Pada tahun 2008, ia mendirikan Partai Gerakan Indonesia Raya (Gerindra).
Selain itu, ia juga pernah aktif sebagai ketua di Himpunan Kerukunan Tani Indonesia. Di bidang olahraga, Prabowo aktif di ikatan Pencak Silat Indonesia dan Pesekutuan Pencal Silat Antarbangsa.