Serta juga menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Jakarta Timur pada tahun 2016.
Hingga akhir 2017, ia dipromosikan sebagai hakim tinggi pada Pengadilan Tinggi Denpasar.
Pada 20 Desember 2019, Nawawi Pomolango beserta 4 Komisioner Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) resmi dilantik oleh Presiden RI Joko Widodo.
Saat itu ia menjabat sebagai Wakil Ketua KPK periode 2019-2023.
Nawawi menjadi salah satu pimpinan KPK yang berani mengkritik kinerja Firli Bahuri. Yaitu, dengan mengingatkan agar pimpinan KPK menghindari gaya kerja one man show atau menonjolkan satu orang.
Kritik itu Nawawi sampaikan ketika menanggapi surat yang ditulis Gubernur Papua Lukas Enembe.
Tepatnya untuk Firli Bahuri pada 3 November 2022 lalu.
Saat itu, Lukas menagih janji yang disampaikan Firli saat menjalani pemeriksaan di rumahnya.
Saat itu rumah yang diperiksa terdapat di Koya Tengah, Jayapura, Papua.